纯化药物的方法的选择取决于要获得的活性成分的价值和性质。
水溶性化合物的选择性结晶是一种简单、低成本的方法，但是在早期相对纯度要求较高。
脂溶性化合物比较复杂。比较常见的方法是溶剂萃取，然后蒸馏，然后根据纯度来确定是否需要色谱法。
如果多糖的纯度不高，乙醇沉淀效果相对较好，要想找到高纯度的多糖，可以考虑膜过滤。
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通用生物发酵液的一般方法是：树脂富集(是否需要根据化合物的含量)离子色谱结晶再结晶；有些化合物可考虑硅胶洗脱、GPC溶剂蒸发结晶；中药研究中有多种化合物考虑超临界萃取；高价值的蛋白质可能需要被抗原抗体吸附，然后纯化。
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